実は、建勲神社が建てられたのは明治時代。実はだいぶ新しい神社であるといえます。建勲神社の起源は、本能寺の変が起こった天正10年（1582）に歴史は遡ります。
本能寺で明智光秀の謀反にあった信長が倒れた後、彼の葬儀は京都・大徳寺にて、秀吉の手で盛大に執り行われました。そして信長の霊を慰めるべく、大徳寺の南に位置する船岡山に寺院を設け、像を安置することが計画されました。時の正親町天皇からもお許しが出、天正寺の寺号を賜りましたが、寺院の建設は途中で中止になり完成することはありませんでした。

時は流れて明治2年（1869）。
戦国の世に天下統一の道筋をつけ、日本の近代化の基盤を作り、朝廷の復興にも尽力した信長の働きを高く評価された明治天皇は、信長の偉勲に対して神社を創るようにと宣下を出されました。
翌年には「建勲神社」の神号を賜い、明治8年にはもともと信長のための寺院を立てる予定地であり、長く信長の廟所として大切に保護されてきた船岡山に社地が定められました。明治13年（1880）には船岡山の山麓に新たに社殿が造営され、信長の嫡子・信忠もともに祀られました。その後明治43（1910）に山頂の現在の場所に建物が移されました。
船岡山からは京都の町並みを一望できるほか、比叡山や如意ヶ嶽などの東山三十六峰を眺めることができ、眺望のよさでも知られます。特にお盆に行われる五山送り火の際には、鳥居形を除く4つの山も見ることができるそうです。